La economía -como disciplina- se encuentra vinculada a las raíces de la Universidad Mayor de la República en el siglo XIX, en tanto en el momento de su constitución en 1838 se declaró erigida en cuatro Departamentos, uno de ellos, el de Ciencias Filosóficas y Jurídicas que incluía como obligatoria la Cátedra de Economía Política para quienes aspirasen a doctorarse en él. Su vínculo fue también estrecho con el Derecho, puesto que con la creación en 1849 de las Facultades, la economía política continuó siendo parte como una de las cuatro cátedras que constituían a la Facultad de Jurisprudencia.

Los vínculos estrechos con el derecho comenzaron a separarse cuando bajo el decanato de Carlos María de Pena en la Facultad de Derecho, se propuso en 1901 la formulación de cursos de Contabilidad que dieran cabida a las necesidades de una ciudad portuaria tan volcada al comercio como Montevideo. La propuesta encontró el respaldo gubernamental del presidente José Batlle y Ordóñez y de su Ministro de Fomento, José Serrato, y en ese contexto se creó por decreto la Facultad de Comercio con el deseo de impartir una “orientación práctica a los rumbos de la enseñanza superior”. Sus comienzos fueron difíciles, marcados por la falta de personal capacitado para dictar los cursos y otros obstáculos, permitiendo un acceso muy restringido de alumnos a sus carreras.

La Ley Orgánica de la Universidad de 1908, quizás buscando superar esos inconvenientes, separó la Facultad de la Universidad denominándola “Escuela Nacional de Comercio”, más
volcada a orientaciones prácticas que el comercio de plaza seguía reclamando, que a formulaciones teóricas consideradas improductivas. En 1916 cambió su nombre por el de "Escuela Superior de Comercio", reafirmando ese carácter práctico a la enseñanza que el medio comercial requería.

Pero, crisis económica mundial de 1929 mediante, ya había cambiado la perspectiva sobre la economía que tenían los estudiosos europeos y los pocos nacionales que le consagraron sus esfuerzos. La seriedad de la situación económica que debió enfrentar el país hizo sentir la necesidad de formar “expertos” locales que estuvieran en mejores condiciones técnicas y teóricas que las de los simples contables. El propio Estado uruguayo, que había ampliado su incidencia en la vida económica mediante la creación de los después denominados “Entes
Autónomos” (banca, energía, construcción, electricidad, transporte, comunicaciones), tuvo necesidad de funcionarios más capacitados para dirigirlos y administrarlos con una visión
diferente a la que era tradicional en la empresa privada.

Así, tanto en los círculos universitarios como en los políticos, y con el apoyo de la entonces Asociación (hoy Colegio) de Contadores y de la Cámara de Industrias, se empezó a considerar un proyecto del año 1924 que proponía la creación de una Facultad de Ciencias Económicas. El proyecto fue aprobado en 1932, dando creación a la Facultad de Ciencias Económicas y de Administración dentro de la Universidad de la República, sobre la base de la Escuela Superior de Comercio.

Le costó algunos años a la Facultad desprenderse de la tradición no académica de su antecesora, y empezó a transitar un nivel universitario con la aprobación del nuevo Reglamento de 1938. En él se establecía la necesidad de estudiar, además de asignaturas teórico-prácticas, “los problemas sociales, económicos y administrativos que plantea la vida real”. En la misma línea de acercamiento a los temas sociales, se aprobó en 1944 un nuevo Plan de Estudios que buscó responder también a las complejidades comerciales internacionales aparejadas por la Segunda Guerra Mundial y su finalización (1945). La acentuación del interés por estos temas tanto por estudiantes como por docentes llevó a la siguiente reformulación del Plan en 1954, que le dio lugar preferencial a la política y la teoría económicas.

Las reformas sucesivas de los Planes de Estudio efectuadas en 1966, 1977, 1980 y 1990, reflejaron las vicisitudes no sólo de la economía y de la teoría económica en los períodos
respectivos sino también las de los sucesos políticos que tanto afectaron a la Universidad entera durante los años de la Dictadura militar (1973 –1984).

En la actualidad, el Plan vigente (1990) abre nuevas carreras y posibilidades de formación (Contador Público, Licenciado en Administración, Licenciado en Economía y Licenciado en
Estadística) para el egresado de la enseñanza media. Asimismo la Facultad ofrece cursos de actualización, (en consonancia con la exigencia de educación permanente) y de
perfeccionamiento (posgrados y Maestrías).