El Área de Investigación Histórica comenzó a trabajar poco después de la fundación del AGU. Desde el comienzo se puso a disposición del público varias series de documentación histórica institucional como Actas de Sesiones, Órdenes del Día, Repartidos y Distribuidos del Consejo Directivo Central y otros materiales producidos por la administración de la Udelar, fundamentalmente en el siglo veinte. Sin embargo, el grueso de la documentación universitaria había sido trasladado a la sede del Archivo General de la Nación en el período de la intervención (1973-84), de modo que su servicio al público quedaba por fuera de las obligaciones y posibilidades del AGU. Esta particularidad de la composición del Fondo Histórico del AGU llevó a plantearse una política activa de incorporación de materiales que complementara la información disponible y transformara al servicio en una verdadera unidad de apoyo a la investigación sobre la historia cultural, científica y académica del país. El trabajo interdisciplinario realizado hasta el momento ha permitido integrar grandes volúmenes de documentación a través de la detección, organización y puesta en servicio de diversos archivos privados y de intervenciones de rescate patrimonial en algunas dependencias universitarias. El Área desarrolla, además, varias líneas de investigación sobre la historia de la educación superior, la ciencia y la tecnología en Uruguay, especialmente en la segunda mitad del siglo XX. También promueve diversas actividades académicas como conferencias y seminarios, fomentando el relacionamiento con diferentes actores sociales y espacios de producción de conocimiento sobre temas de su interés.